In un arco temporale che va dal XIII al XVIII secolo sono presenti dipinti su tavola, su tela, suppellettili liturgiche provenienti dalle chiese diocesane. La Trave con Cristo e gli Apostoli (1278) e la Custodia lignea per il reliquiario della mano di Santo Stefano (inizio XIV secolo) testimoniano la pittura genovese medievale insieme a nomi prestigiosi, come Barnaba da Modena per il secondo Trecento. E’ Luca Cambiaso il protagonista del pieno Cinquecento insieme a una nutrita serie di apporti extra regionali mentre culmine del percorso museale è la pittura di pieno Seicento e barocca, con le pale d’altare di Domenico Piola e Gregorio De Ferrari.